当社は神日本磐余彦命（かむやまといわれひこのみこと）の御東征を起源としています。

西暦紀元前662年、神日本磐余彦命の一行は丹敷浦（にしきうら）（現在の那智の浜）に上陸されました。
一行が光り輝く山を見つけ、その山を目指し進んで行ったところ、那智御瀧を探りあてられ、その御瀧を大己貴神（おおなむちのかみ）の現れたる御神体としてお祀りされました。
神日本磐余彦命の一行は天照大神より使わされた八咫烏の先導により、無事大和の橿原の地へお入りになられ、紀元前660年2月11日に初代天皇、神武天皇として即位されました。
先導の役目を終えた八咫烏は熊野の地へ戻り、現在は烏石に姿を変えて休んでいるといわれています。

その後、熊野の神々が光ヶ峯に降臨され、御瀧本にお祀りしていましたが、仁徳天皇5年（317年）、山の中腹へ改めて社殿を設け、熊野の神々・御瀧の神様をお遷し申し上げました。
これが熊野那智大社の始まりとされています。

那智御瀧は熊野那智大社の別宮、飛瀧神社の御神体としてお祀り申し上げています。